El traslado urgente desde la parroquia de San Miguel, realizado como consecuencia de la revolución de septiembre de 1868, fue debido a la decisión del entonces cura de esa desaparecida parroquia Eugenio Fernández Zendrera, que era entonces hermano mayor de la Soledad y que pasó a ser presbítero adscrito a San Lorenzo. La Hermandad efectuó entonces a sus expensas una gran reforma integral del espacio capitular con la colocación de una de las dos rejas que poseía de la capilla propia de San Miguel y que tiene la leyenda «CAPILLA PROPIA DE LA PONTIFICIA, REAL Y PRIMITIVA HER/dad. Y COFRADÍA DE NAZARENOS DE Ntra. Sra. DE LA SOLEDAD». Además se construyó, sobre el llamado corralejo, la sacristía con sala superior y las actuales fachadas a las calles Eslava y Hernán Cortés.

En 1957 con motivo de las fiestas y actos del IV Centenario de la Hermandad se efectuó una profunda remodelación, actuándose sobre el altar, con ampliación del camarín y redorado de todo el conjunto. Igualmente se colocó solería y zócalo de mármol, se instalaron nuevas puertas de carpintería y se decoró la bóveda con pinturas murales de Rafael Blas Rodríguez. En las paredes laterales se encuentran dos lienzos dieciochescos que representan la Adoración de los Magos y los Desposorios de la Virgen.